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How to draw structures in Ketcher

Ketcher is the structure editor used across ChemicalHelper. Draw a molecule — or a full reaction equation (reactants → products) — then click the site button outside the editor to export SMILES / fill the form.

Ketcher 结构绘制怎么用

各工具里的「画结构」都使用 Ketcher。可画单个分子，也可画完整反应方程式（反应物 → 产物），再点编辑器外的站点按钮导出 SMILES / 填回表单。

Step 1

Know the three zones

  1. Left toolbar — bonds, atoms, rings, charge, erase, templates.
  2. Top bar — undo / redo / clear / open / save.
  3. Canvas — click and drag here to build the molecule.

Tip: if the canvas looks empty, click once to place the first atom, then drag out bonds.

Undo · Redo · Clear · Open · Save C–C C=C C N ⬡ ⌫ Canvas Your molecule
Left tools · top actions · center canvas

Step 2

Draw bonds (the main workflow)

  1. Select the single-bond tool on the left (usually selected by default).
  2. Click on the canvas to place a carbon atom.
  3. Click an existing atom and drag outward — a new bond and atom appear.
  4. Click a bond tool again (double / triple) then click an existing bond to change its order.
1 Single bond 2 Double bond 3 Triple bond

Hydrogen atoms are usually implied — you do not need to draw every H.

Click → drag → bond 1. Place atom 2. Drag bond 3. Grow chain / double
Build the skeleton by chaining bonds

Step 3

Change atoms and add rings

  1. Select an atom tool (N, O, Cl…) then click an existing atom to replace it.
  2. Need another element? Open the periodic table tool and pick any element.
  3. Select a ring template (benzene, cyclohexane…) then click the canvas or an atom to fuse the ring.
  4. Use + / − charge tools, or stereo wedge/dash bonds, when needed.
  • Erase — delete atoms/bonds you mis-clicked.
  • Lasso / select — move a fragment after drawing.
  • Undo — safest way to reverse a bad click.
Atom tools C N O Cl Click tool → click atom on canvas ⋯ Periodic table for any element Ring templates Cyclohexane · Benzene · …
Replace atoms and drop ring templates

Step 4

Type abbreviations: CN, CONH₂, OMe…

Preferred way: insert a Functional Group abbreviation so the canvas shows CN as text — you do not have to draw C≡N bond-by-bond.

  1. Open Functional Groups — press Shift+F, or open the Templates / Custom templates library (bottom toolbar) → tab Functional Groups.
  2. Type / filter the name — in the search box type CN (also works for CONH2, OMe, CF3, NO2, CO2H, Ph…).
  3. Place it — click the group in the list, then click an atom on the molecule to attach it (or click empty canvas, then bond from the molecule to the group).
  4. The label stays as CN on the canvas. Right-click → Expand / Contract / Remove abbreviation if you need the full atoms.

NH₂: there is no NH2 entry in the Functional Groups library. Place atom N (one bond to C ⇒ –NH₂, H implied). For amide use abbreviation CONH2.

Optional fallback for cyano only: draw C–N then set a triple bond — same chemistry, but the canvas won’t show the short “CN” label.

⇧F Functional Groups CN type to filter N for NH₂
1. Open FG library Shift + F · Functional Groups 2. Type CN CN| 3. Pick & attach CN ← click atom to join Also: CONH2, OMe, CF3, NO2, Ph… Result on canvas CN NH₂ note No “NH2” abbreviation in library. Use atom tool N → shows as –NH₂. Amide: search CONH2 instead. OH: place O (H implied).
Type CN in Functional Groups — abbreviation appears on the canvas

Step 5

Draw a reaction equation (A + B → C)

Used on Condition / reaction tools: the canvas must contain reactants, a reaction arrow, and products (not just one molecule).

  1. Draw reactants on the left — build each molecule as usual (bonds, atoms, CN abbreviations…). Leave space between molecules.
  2. Add “+” between reactants — select the left-toolbar Reaction Plus Tool and click between two reactant structures.
  3. Add the reaction arrow — open the Reaction Arrow tools (arrow icon; default is often Arrow Open Angle) and drag from left → right between reactants and products.
  4. Draw products on the right — of the arrow. If there are several products, place + between them too.
  5. Bring it back to the site — click the page button such as Use this structure / Fill reactants & products / Return and fill (wording depends on the tool). The site reads the arrow-separated reaction.

Layout tip: keep reactants left of the arrow and products right. Without an arrow, ChemicalHelper cannot split reactants vs products.

Optional: Reaction Auto-Mapping (mapping tools) pairs atoms across the arrow — useful for mechanism work; not required for most Condition / search fills.

+ Reaction Plus → Reaction Arrow A+B→C full equation
Reaction equation on the canvas Reactant A + Reactant B Arrow tool Product(s) Toolbar reminders Left: Reaction Plus (+) · Reaction Arrow (→) · optional Mapping tools Site button outside Ketcher exports reactants / products automatically
Reactants + arrow + products = a complete equation

Step 6

Export back to ChemicalHelper

  1. Check the structure (or full reaction equation) looks correct.
  2. Click the site button outside Ketcher — Use this structure, or on Condition Return and fill reactants & products.
  3. SMILES / reaction fields are filled — then run prediction, search, or condition recommend as usual.
ActionHow
UndoCtrl / ⌘ + Z or top-bar Undo
Clear canvasTop-bar Clear (confirm if asked)
Delete selectionErase tool, or Delete / Backspace

If export fails with “unsanitizable”, fix broken valence / stray bonds, then try again.

Home
Close Draw structure Use this structure SMILES input on the main page CCOC(C)=O
Finish with the green button above the editor

步骤 1

先认清三个区域

  1. 左侧工具栏：单键/双键、原子、环模板、电荷、橡皮擦等。
  2. 顶部操作栏：撤销 / 重做 / 清空 / 打开 / 保存。
  3. 中间画布：在这里点击、拖拽来搭分子。

提示：画布是空的很正常——先点一下放下第一个原子，再拖出键。

撤销 · 重做 · 清空 · 打开 · 保存 单键 双键 C N 苯环 删除 画布 你画的分子
左侧工具 · 顶部操作 · 中间画布

步骤 2

画化学键（最常用流程）

  1. 左侧选中单键工具（一般默认已选中）。
  2. 在画布空白处点一下，放下一个碳原子。
  3. 再点这个原子并拖出去——会拉出一根键和新原子。
  4. 换成双键 / 三键工具后，再点已有键，即可改键级。
1 单键 2 双键 3 三键

氢原子通常是隐含的，一般不用把每个 H 都画出来。

点击 → 拖拽 → 成键 1. 放下原子 2. 拖出化学键 3. 延长 / 改双键
用拖拽连续搭骨架

步骤 3

改原子、加环

  1. 选中原子工具（如 N、O、Cl），再点画布上的原子即可替换。
  2. 需要其它元素：打开元素周期表工具再选择。
  3. 选环模板（苯环、六元环等），点画布或某个原子即可放下 / 并环。
  4. 需要时用电荷 +/−、楔形/虚线立体键。
  • 橡皮擦：删掉点错的原子或键。
  • 框选 / 选择：画完后移动片段。
  • 撤销：点错了优先撤销，最安全。
原子工具 C N O Cl 先选工具，再点画布上的原子 ⋯ 周期表可选任意元素 环模板 六元环 · 苯环 · …
替换杂原子，一键放下常见环

步骤 4

直接输入缩写：CN、CONH₂、OMe…

推荐做法：用 Functional Groups（官能团缩写） 插入，画布上会直接显示文字 CN，不必自己拉三键画 C≡N。

  1. 打开官能团库 — 按 Shift+F；或点底部工具栏的模板 / 自定义模板库 → 切到 Functional Groups 页签。
  2. 在搜索框直接输入 — 键入 CN（同样可搜 CONH2、OMe、CF3、NO2、CO2H、Ph 等）。
  3. 放到分子上 — 点列表里的基团，再点分子上的原子完成连接（也可先点空白放下，再用单键从分子拖到该基团）。
  4. 画布上会保持缩写标签 CN。需要看内部结构时：右键 → Expand / Contract / Remove abbreviation。

NH₂：官能团库里没有 NH2 这一项。请用原子工具放 N（与碳一根单键即 –NH₂，氢隐含）。酰胺请搜缩写 CONH2。

备选：仍可用「先画 C–N 再改三键」得到氰基，但画布不会显示短标签 CN。

⇧F 官能团库 CN 直接输入筛选 N 表示 NH₂
1. 打开官能团库 Shift + F · Functional Groups 2. 输入 CN CN| 3. 选中并接到原子上 CN ← 再点分子上的原子 还可搜：CONH2、OMe、CF3、NO2、Ph… 画布效果 CN 关于 NH₂ 库里没有 NH2 缩写项。 用原子工具放 N → 即 –NH₂。 酰胺请搜 CONH2。 OH：放 O（氢隐含）。
在 Functional Groups 里输入 CN，画布显示缩写标签

步骤 5

绘制化学反应方程式（A + B → C）

条件推荐等工具需要完整反应式：画布上要有反应物、反应箭头和产物，不能只画一个分子。

  1. 左侧画反应物 — 按前面步骤画出每个分子（键、原子、CN 缩写等），分子之间留出空隙。
  2. 反应物之间加 “+” — 选左侧工具栏的 Reaction Plus Tool（反应加号），在两个反应物之间点一下。
  3. 画反应箭头 — 打开 Reaction Arrow（反应箭头）工具（箭头图标；常用 Arrow Open Angle），从左向右拖出一根箭头，放在反应物与产物之间。
  4. 右侧画产物 — 多个产物时，同样用 + 隔开。
  5. 导回本站 — 点页面上的 使用此结构 / 填入反应物与产物 / 返回并填入（不同工具文案略有不同）。站点会按箭头自动拆分反应物与产物。

排版提示：反应物在箭头左侧、产物在右侧。没有箭头时，本站无法区分反应物和产物。

可选：用 Reaction Auto-Mapping（自动原子映射） 给箭头两侧对应原子编号——机理分析有用；条件推荐一般不需要。

+ 反应加号 → 反应箭头 A+B→C 完整方程式
画布上的反应方程式 反应物 A + 反应物 B 箭头工具 产物 工具栏提示 左侧：Reaction Plus（+）· Reaction Arrow（→）· 可选 Mapping 画完后点 Ketcher 外的站点按钮，自动拆分反应物 / 产物
反应物 + 箭头 + 产物 = 完整方程式

步骤 6

完成后导回本站

  1. 确认分子（或完整反应方程式）画对了。
  2. 点 Ketcher 外面的站点按钮——如「使用此结构」；条件推荐页则是「返回并填入反应物与产物」。
  3. SMILES / 反应式字段会自动填入，然后照常做预测、检索或条件推荐。
操作方法
撤销Ctrl / ⌘ + Z，或顶栏撤销
清空画布顶栏「清空」（如有确认请确认）
删除选中橡皮擦，或 Delete / Backspace

若提示结构无法校验（unsanitizable），多半是键级/价态异常或有游离碎片，改完再导出。

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关闭 化学结构绘制 使用此结构 主页面的 SMILES 输入框 CCOC(C)=O
画完后点顶栏绿色按钮即可